J'avais commencé un résumé de l'histoire mais en jouant on passe sur pas mal de détails importants pour la compréhension de l'intrigue.

Voilà, je me lance, je vais à l'essentiel :

Partie 1 : l'attaque de la Terre par le prophète Regret
La terre subit une attaque mené par "Regret", un prophète et chef religieux Covenant. L'attaque n'est pas à la mesure de la force théorique des envahisseurs, et "Regret" prèfère fuir, en ayant causé pas mal de dégat sur notre chère planète et en laissant son armée sur terre continuer la destruction. Toute une troupe de marines dont le Master, le commandant Jonhson et Miranda Keyes (la fille du commandant marines de Halo1) qui sont à bord du "Amber Clad" sautent dans le ...hum..vortex qu'emprunte le vaisseau du Prophète pour regagner le reste des troupes aliens. Tout ce beau monde arrive à proximité d'un nouvel Halo.....TATATATA


Partie 2 : l'Arbiter contre les Hérétiques
On découvre la race des Brutes qui supplantent progressivement celle Elites, ceux ci n'ayant plus la confiance des prophètes (ou hiérarques).
Nous découvrons la relgion des alien, qui reposent sur les Halo. Les Prophètes promettent "Le Grand Voyage" qui commencera par l'actvation des Halo. Elites, Brutes et les autres alien sont presque tous des fanatiques religieux, sauf un petit groupe d'hérétique mené par un élite et qui combat la religion et les prophète.
L'Elite qui avait en charge la protection de l'halo du 1er épisode est condamné par les 2 autres Prophétes que sont "Vérité" et "Pitié"( "Regret" étant sur Terre). Les Prophètes gracient l'Elite, à condition qu'il agisse en secret et qu'il combatte les Hérétiques en devenant l'Arbiter.

L'Arbiter vainc le chef hérétique qui avait trouvé refuge sur Halo n°4 (ça commence à faire beaucoup, et ce n'est pas finit), et il découvre que 343 Guilty Spark est à la tête de ceux-ci. Pour l'Arbiter et la religion Covenant 343 est l"Oracle".
Les Brutes interviennent commandés par Tartarus et Capturent Guilty Spark au grand étonnement de l'Arbiter.
On comprend que l'Arbiter sait fait doublé par Tartarus, l'Arbiter a fait le sale boulot, Tartarus est venu récupéré Guilty Spark une fois le combat finit. L'arbiter s'est totalement fait manipulé, Tarturus étant un ultra fanatique et le préféré des Prophètes.

Partie 3 : Master chief vs Regret
Le vaisseau du prophète Regret suivi par "l'Amber Clade" arrive sur l'halo n°5. Le but de ces derniers, faire prisionnier "Regret" (rien que ça) qui s'est réfugié dans un temple, pour savoir pourquoi il a attaqué la terre. Une flotte gigantesque de vaisseau convenant se trouve près de l'Halo, surement près pour le "Grand Voyage". Le combat se déroule dans un temple Forunner au-dessus d'un lac que Cortana trouve suspect. Au cours du combat le temple est détruit par les covenants(?????) et l'on voit le Master chief se faire capturer par une sorte de poulpe : le Fossoyeur, qui dit être dérangé dans sa tombe.
Cette partie est assez flou dans le scénario car on suppose que le prophète Vérité à tenté d'éliminer Regret comme il tuera plus tard son accolyte Pitié. PLus l'heure du Grand Voyage approche, plus chaque covenants tentent de jouer perso (Regret contres les autres prophètes, les Brutes contres les Elites, Tartarus contre l'Arbiter....)

Partie 4 : l'Arbiter cherche l'Index
L'Arbiter a une nouvelle mission : retrouver l'icône sacrée (l'index) qui permet l'activation de l'Halo qui permettra de réaliser "le Grand Voyage".
Après un très long combat en particulier contre les floods et les sentinelles (robots), l'Arbiter trouve l'index. Pas de bol le Lieutenant Jonhson et Miranda Keyes sont déjà là. Tartarus va mettre tout le monde d'accord, il prend l'index, capture les 2 humains et balance dans le vide l'Arbiter qui se retrouve à son tour capturer par le Poulpe...heu le fossoyeur.
L'arbiter vient encore de se faire doubler.

partie 5 : Le fossoyeur (Le truc bizarre)
Alors dans les tentacules de notre poulpe il y a du beau monde :
-le Master chief qui fait copain-copain avec le Poulpe,
-l'Arbiter qui est formaté à la religion des prophètes,
-Regret, et oui, il n'est pas mort, qui envoie chier tout le monde
-2401 Penitent Tangent, le monitor de halo 5. (un copain à guilty Spark)
-et donc le poulpe qui ne veut pas que l'Halo soit activé.
A ce niveau là, on ne peut plus mettre en doute que les prophètes croient réellement à une vie meilleure avec l'activation de l'halo qui ne fera que provoquer leur perte.
Le poulpe ordonne à Master Chief et à l'Arbiter de retrouver l'index. Il téléporte le master chief à bord du vaisseau covenant "Grande Bonté", tandis que l'Arbiter se retrouve quelque part sur l'halo.

partie 6 : master Chief sur Grande Bonté
Master chief se retrouve face à Vérité et Pitié (géniale la téléportation, direct dans la salle du conseil) qui détiennent l'index. Après une longue course poursuite, au milieu de la guerre civile qui vient de s'enclencher entre Elite et Brutes, le Master Chief arrive un poil trop tard. Tartarus part en embarquant l'index, Vérité, le commandant jonhson et miranda Keyes. Pitié se fait attaquer par une larve de Flood. Le master Chief arrive pour entendre ces dernières paroles : "la race des humains doit disparaitre". "Vérité" utilise un immense vaisseau Forunner qui se trouvait sur Grande Bonté pour retourner sur Terre. le Master Chief grimpe à bord in extremis et en deux coups de cuillère à pot, se retrouve à proximité de la terre.


Partie 7 : L'arbiter vs tartarus
L'Arbiter se retrouve au milieu de ses frères Elites et engage le combat contre les Brutes. le seul but de Tartarus est d'enclencher l'halo pour accompagner les prophètes pour le Grand Voyage. Notre Elite a compris entre temps que tout ça c'est des bobards et que déclencher l'halo causera la perte de tout le monde.
Tartarus est terrassé avec l'aide de Jonhson et Keyes, mais l'halo est activé. Le processus de mise à feu est interrompu mais de fait, on apprend de Guilty Spark que tous (oui tous...) les autres halo se sont placés en veille près à être actionnés à distance depuis l'ARCHE.

Le Bouquet final
A savoir donc qui est où et qui fais quoi pour bien comprendre Halo3 et j'espère qu'il fera honneur à la série!

Le Master Chief est à bord d'un vaisseau Forunner, avec le prophète Vérité qui vient pour anéantir l'humanité.
L'arbiter est sur Halo avec Jonhson, keyes et Guilty Spark et on suppose qu'ils vont partir à la recherche de l'Arche.
Le prophète Pitié est mort.
Le prophète Regret qui a attaqué la terre au début du jeu à disparu de la circulation.
Les covenants sont en pleine guerre civile, bien que le chef Brute Tartarus est mort.
Les floods semblent avoir un lien avec le Fossoyeur.
On a confirmation que les Halo servent à détruire toute forme de vie pouvant abriter les Floods et que les Forunners sont morts en les activants.
Le Fossoyeur et Cortana sont Ensemble et le jeu se termine sur ce dialgue :
Le fossoyeur : "J'ai tellement de questions à vous poser, y répondrez vous?"
Cortana : "Soit, allez-y!"